امام جعفرصادق علیه السلام در سال 114 هجری قمری پس از شهادت پدرش در سن 31 سالگی به امامت رسیدند. دوران امامتش مصادف بود با اواخر حکومت امویان که در سال 132 به عمر آن پایان داده شد و اوایل حکومت عباسیان.
در آغاز امامت حضرت افرادی از شیعیان و حتی بستگان حضرت حاضر به قبول امامت ایشان نبودند، لذا حضرت از راههای گوناگونی کوشیدند آنها را به قبول راه صحیح وادار سازند و دراین زمینه به اذن خداوند معجزاتی نیز انجام دادند .
دوران امام جعفرصادق علیه السلام در میان دیگر دورانهای ائمه اطهار، دورانی منحصر به فرد بود و شرایط اجتماعی و فرهنگی عصر آن حضرت در زمان هیچ یک از امامان وجود نداشته است و این به دلیل ضعف بنی امیه و قدرت گرفتن بنی عباس بود .
این دو سلسله مدتها در حال مبارزه با یکدیگر بودند که این مبارزه در سال 129 هجری وارد مبارزه مسلحانه و عملیات نظامی گردید .
این کشمکش ها و مشکلات سبب شد که توجه بنی امیه و بنی عباس کمتر به امامان و فعالیتشان باشد، از این رو این دوران، دوران آرامش نسبی امام جعفرصادق علیه السلام و شیعیان و فرصت بسیار خوبی برای فعالیت علمی و فرهنگی آنان به شمار می رفت .
پس از زمان رسول خدا دیگر چنین فرصتی پیش نیامده بود تا معارف اصیل اسلامی ترویج گردد، بخصوص که قانون منع حدیث و فشار حُکّام اموی باعث تشدید این وضع شده بود. لذا خلأ بزرگی در جامعه آنروز که تشنة هرگونه علم و دانش و معرفت بودند ، به چشم می خورد .
امام جعفرصادق علیه السلام با توجه به فرصت مناسب سیاسی و نیاز شدید جامعه، دنباله نهضت علمی و فرهنگی پدرش را گرفت و حوزه وسیع علمی و دانشگاه بزرگی به وجود آورد و در رشته های مختلف علمی و نقلی شاگردان بزرگی تربیت کرد. شاگردانی چون: هشام بن حکم، مفضل بن عمر کوفی جعفی، محمد بن مسلم ثقفی، ابان بن تغلب، هشام بن سالم، مؤمن طاق، جابر بن حیان و . . .
بدین ترتیب، شرایطی مناسب پیش آمد و معارف اسلامی بیش از هر وقت دیگر از طریق الهی حضرت منتشر گشت، به صورتی که بیشترین احادیث شیعه در تمام زمینه ها از ایشان نقل گردیده و مذهب تشیع به نام مذهب جعفری و فقه تشیع به نام فقه جعفری خوانده می شود .
نباید تصور کرد که آن حضرت به کلی خود را از جریانات و امور سیاسی دور نگه داشتند، بلکه همواره از وقتهای مناسب برای ترویج حقانیت خود و بطلان هیأت حاکمه بهره می بردند و بدین منظور نمایندگانی را نیز به مناطق مختلف بلاد اسلامی می فرستادند .
عباسیان برای کسب قدرت و محبوبیت در دلهای مردم از وجهه اهل بیت پیامبر استفاده می کردند و حتی شعارشان" الرضا فی آل محمّد" بود. آنان به دنبال اشخاصی با وجهه مردمی بودند که هم از بستگان پیامبرصلی الله علیه و آل سلم باشند و هم درمیان مردم محبوبیت داشته باشند. لذا بهترین شخص در نظر عباسیان امام جعفر صادق علیه السلام بودند.
امام صادق پیشنهاد آنان را رد کردند و فرمودند: نه شما از یاران من هستید نه زمانه، زمانه من است. حتی برخی از بستگان آن حضرت نزدیک بود با این پیشنهاد ها فریب به خورند، اما امام با روشنگری خاص خود به آنان فهماندند که به ظاهر توجه نکنند. امام می دانست که عباسیان نیز هدفی جز رسیدن به قدرت ندارند و اگر شعار طرفداری از اهل بیت را مطرح می کنند، صرفاً به خاطر جلب حمایت توده های شیفته اهل بیت است. امام می دید که سران سیاسی و نظامی عباسیان در خط مستقیم اسلام و اهل بیت نیستند و لذا حاضر نبود با آنان همکاری کرده و به اقداماتشان مشروعیت بخشد.چنانکه در تاریخ می بینیم که چه جنایاتی کردند و چه خونهایی ریختند تا پایه های عباسیان محکم گردد .از حوادث مهم در زمان امامت حضرت، قیام عمویش زید بن علی است که شکست خورد و با شهادت زید به پایان رسید.
شهادت حضرت صادق علیه السلام
پس از به قدرت رسیدن عباسیان، منصور رهبر شیعیان جهان امام جعفر صادق علیه السلام را توسط عواملش بوسیله انگور آلوده به زهر در سن 65 سالگی در سال 148 هجری به شهادت رساندند ایشان در قبرستان معروف بقیع در کنار مرقد پدر و جدّشان مدفون گردیدند.
در زمینه فضایل و مکارم اخلاقی حضرت روایات و وقایع بسیار زیادی نقل شده است. آن حضرت با رفتار کریمانه و خلق و خوی الهی خود بسیاری از افراد را به راه صحیح هدایت فرمودند، به گونه ای که پیروان دیگر مکاتب و ادیان نیز زبان به مدح آن حضرت گشوده اند.
ای صادق آل محمد صلی الله علیه و آله ! در شب هجران تو، عالم دگرگون شده است. توفانی از سهمگین ترین غم ها به وزش درآمده است و از آسمان ناله های سرخ می بارد. پیشانی آیینه ها چین و چروک برداشته است و صدای هیچ پرستویی به گوش نمی رسد. یلداترین شب، در هجران تو بر روی صبح، سیاهی می پاشد و زمان، حرکت نمی کند. جان عاشقان و شیفتگان تو، در آتشی از ماتم می سوزد و شراره اش دنیا را می سوزاند. هق هق گریه، رخصت تسلیت گویی نمی دهد و طاقت شانه ها را می گیرد. غم جانکاه تو را بر دل مجروح عاشقان تسلیت می گوییم .